Если второй ребенок родился в конце 2006 года, можно ли все-таки получить материнский (семейный) капитал?

Нет. Заявление на материнский капитал можно подать, если второй или последующий ребенок родился в период с 1 января 2007 года по 31 декабря 2016 года.